<html><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii"></head><body>
<div class="BodyFragment">
<font size="2"><div class="PlainText">Dear CPN members,<br>
<br>
It has taken a couple of weeks, but Kevin and I have finally worked through David's suggestions, some of which we have led to changes in the attached revision of the proposals I initially sent you on Sept. 24.&nbsp; I have inserted our responses below after each of David's comments.&nbsp; <br>
<br>
I would like to take a vote on this set of changes soon (i.e., the set of proposals I sent you on Sept. 24 plus the modifications contained here).&nbsp; If David or anyone else has further comments, please send them to the listserv by the end of the end of the day on Sunday (Oct. 28).&nbsp; If there is no further discussion calling for more changes, I think we could go ahead and vote on these starting on Monday.&nbsp; If anyone feels this is not sufficient time to review the changes, please let me know and we can delay the vote by a few days.<br>
<br>
I am attaching two files: one uses Track Changes to show the changes that resulted from David's comments; the other has saved all the changes to make the document easier to read.<br>
<br>
Regards,<br>
Phil<br>
<br>
<br>
On Sep 29, 2012, at 12:38 PM, David Marjanovic wrote:<br>
<br>
&gt; Everything not mentioned below is fine with me.<br>
&gt; <br>
&gt; Glossary entry for &quot;species&quot;: shouldn't &quot;population lineage&quot; be <br>
&gt; &quot;population lineage segment&quot;?<br>
<br>
We agree and have made that change in the attached version.<br>
<br>
<br>
&gt; And Note 11.1.1 makes it debatable whether <br>
&gt; taxa are ever used as specifiers, because it states: &quot;When a species is <br>
&gt; cited as a specifier, the implicit specifier is the type of that species <br>
&gt; name (if a type has been designated) under the appropriate rank-based code.&quot;<br>
<br>
David's insightful comment led to a major rethinking and complete rewrite of Note 11.1.1 and the addition of a new Note 11.4.1 in the attached version.<br>
<br>
<br>
&gt; <br>
&gt; Preamble Item 1: perhaps use &quot;taxon names&quot; instead of &quot;scientific <br>
&gt; names&quot;. Nomenclature isn't science, biology isn't the only science, and <br>
&gt; the extant codes don't cover anatomical nomenclature...<br>
&gt; <br>
<br>
The term &quot;scientific name&quot; is widely understood to mean a formal taxon name and is defined as such in the PhyloCode glossary, so we have not adopted David's suggestion.&nbsp; However, we do propose a minor wording change in the glossary definition of &quot;scientific name&quot;: changing &quot;a name&quot; at the beginning of the definition to &quot;a taxon name&quot;.<br>
<br>
<br>
&gt; Article 3.1 and Note 3.1.2: I prefer &quot;taxonomic rank&quot; over &quot;categorical <br>
&gt; rank&quot;. The former is clearer; the latter will become confusing if Alain <br>
&gt; Dubois' proposal to use &quot;category&quot; and &quot;rank&quot; for different things ever <br>
&gt; spreads. He wants to use &quot;category&quot; for the kind of taxon that e. g. any <br>
&gt; particular species concept describes. This proposal has been largely <br>
&gt; ignored, probably because Dubois is the kind of person that loves <br>
&gt; inventing new terminology just for the fun of it, but it makes enough <br>
&gt; sense that it might be more widely adopted at some point. Interestingly, <br>
&gt; it is compatible with the proposed wording for the glossary entry for <br>
&gt; &quot;categorical rank&quot;.<br>
&gt; <br>
<br>
Oddly enough, we prefer the term &quot;categorical rank&quot; for the same reason that David prefers &quot;taxonomic rank&quot;; we think it is clearer and that &quot;taxonomic rank&quot; is ambiguous.&nbsp; Some criticisms of PN argue that PN cannot be independent of taxonomic or hierarchical ranks because phylogeny is inherently ranked.&nbsp; In other words, the term &quot;taxonomic rank&quot; can be used to refer to relative position alone (e.g., higher versus lower) rather than to the rank categories that we're talking about.&nbsp; In addition, the meaning in Art. 3.1 should be clear from the the example provided.&nbsp; We also feel that the fact that Dubois uses &quot;category&quot; differently is irrelevant.&nbsp; The term is a very general one, but that fact does not argue against its narrower use in systematics--either as Dubois uses it or as we do in the code.&nbsp; Finally, the use of &quot;category&quot; in the sense that we are using it is well established, going back to the distinction between taxa (the groups themselves) and categories (the ranked classes to which they are assigned).&nbsp; For example, see Mayr (1969 Principles of Systematic Zoology pp. 4-5, where he defines both &quot;taxon&quot; and &quot;category&quot; in this way).&nbsp; <br>
<br>
<br>
<br>
&gt; Art. 9.7: What if there is no species or subclade to which a particular <br>
&gt; specimen that one wants to use as a specifier can be referred? I'm <br>
&gt; thinking about the current practice of the people who work on Mesozoic <br>
&gt; dinosaurs: they use species names as a pure formality and treat the <br>
&gt; monospecific genus as the unit of biodiversity. (Almost all genera <br>
&gt; contain just one species.) What if people want to give a branch-based <br>
&gt; definition to a new name of that kind? As Art. 11 says (most clearly <br>
&gt; spelled out in Rec. 11.4A), they shouldn't be forced to name a pro-forma <br>
&gt; species for their single new specimen.<br>
&gt; <br>
&gt; I suggest adding &quot;Whenever possible,&quot; in front of the proposed new <br>
&gt; sentence. Alternatively, turn that sentence into a Recommendation.<br>
&gt; <br>
<br>
<br>
The last part of the new sentence in Art. 9.7 says &quot;...unless the clade whose composition is being described does not contain any named species of clades.&quot;&nbsp; Doesn't this cover the situation David is concerned about?<br>
<br>
<br>
<br>
&gt; Glossary entry for &quot;taxon&quot;: The first sentence sounds very good at <br>
&gt; first, but it would mean that different codes consider different groups <br>
&gt; to be taxa. &quot;Paraphyletic taxon&quot; would then become a contradiction in <br>
&gt; terms under the PhyloCode. But isn't this entry redundant with Art. 1 <br>
&gt; anyway?... Oh. I just noticed that the two sentences of Art. 1 <br>
&gt; contradict each other on this. The first implies that only clades are <br>
&gt; taxa, the second states that clades and species are taxa. I'll try to <br>
&gt; come up with a solution later.<br>
<br>
We agree some changes are needed here, but (as I said in my Oct. 8 message, to which Michel and David agreed), we'd rather delay dealing with this until after we finish with the changes directly related to the CBM proposal.<br>
<br>
</div></font>
</div>
<div class="BodyFragment">
<font size="2"><div class="PlainText"><br>
<br>
<br>
</div></font>
</div>
</body></html>
View Site in Mobile | Classic
Share by: